本館為一棟地上二層樓之建物,與台南神學院黃彰輝紀念圖書館共構。一樓設置展示區與閱覽區,辦理小型主題特展與講座活動,並陳列教會史相關書籍,提供大眾開架閱覽;二樓為文物典藏庫房,比照國家檔管局之標準,配備恆溫恆濕環境控制系統及軌道移動式密集檔案櫃、特殊庫鈑牆面與獨立發電機,共可存放3500個檔案箱。

歷史檔案館外觀
歷史檔案館一樓展覽區
一樓閱覽區
二樓庫房