1930年，黃武東台南神學校畢業後兩天，與同由女子神學校畢業的林蘭玉結縭，由校長滿雄才（W. E. Montgomery）牧師證婚，之後到澎湖瓦硐擔任傳道師兩年。1937年，在斗六教會封立牧師，同時，該年日本在中國發動七七事變。從那時候開始，他則必須要面對著在亞洲地區教會與國家之間不同關係的議題，並相當有智慧處理政教關係
從牧會到行政
1944年，在日本敗戰氣氛濃厚的時候，他勇敢接受嘉義教會的聘牧而前往赴任，也在當時親眼目睹二次大戰聯軍的轟炸、都市食糧的欠缺、日警特務的干擾。
1950年，黃武東轉任南部大會總幹事。
建立總會
1951年，由黃武東發起的南北兩大會組織的「台灣基督長老教會總會」成立，同時被選做第一屆議長。然後，與台南神學院院長黃彰輝互相配搭之下，其努力不但影響全體教會，亦影響到社會。
普世參與
在1950年代初，台灣基督長老教會加入了「世界長老會聯盟」（WPA），也受接納入「普世教會協會」（WCC）和「東亞基督教協會」（EACC）。
籌設東海
1951-1953年，黃武東到英國留學。在國外，他策畫向美國紐約基督教高等教育聯合董事會（聯董會）申請建立基督徒大學，即今日的台中東海大學。然後，台灣基督長老教會成為該校的共同創立者。
倍加運動
1954年，開始發起基督教台灣宣教百週年紀念「教會倍加運動」（PKU）。1965年在百週年感恩禮拜，奉獻成果。（466間教會，10萬餘信徒，若加上山地原住民則近18萬）
福音反共
黨國因明白台灣基督長老教會的影響力，所以經常要求教會講道時宣導反共思想，但是黃武東總是拒絕請求。因為，他相信傳福音本身就是最強的反共。
退而不休
1966年他從台灣基督長老教會退休。
自決運動
1967-1972年黃武東接棒台灣基督教福利會主任。1973年流亡紐約期間和黃彰輝牧師在倫敦發表「台灣人民自決運動」來回應台灣教會發表國是聲明後一年之政局。
海外牧會
1973年受聘紐約恩惠歸正教會（台語）牧會5年。1978年受聘往加州柑縣牧會台語教會2年。1980年7月由加州回紐約，繼續關懷大紐約的台灣人教會及社團。
教會歷史
1987年「雙黃」一同接受母校台南神學院榮譽神學博士之學位。
在黃武東晚年仍努力在母校長榮中學促成建立「台灣教會歷史資料館」。
緬懷
1994年，他在睡夢中安息主懷，最後由台灣基督長老教會舉行總會葬，以此紀念黃武東對於台灣教會與社會的貢獻。