本館主要收藏十九世紀迄今之信徒洗禮簿、議事錄、紀念刊、書信手稿、漢羅英日語古籍、珍本聖經聖詩、契書、地圖、照片與人物檔案等,保存了台灣基督長老教會制度沿革、各地教會發展之記錄;亦期待為各方研究者,提供完整且充足的歷史資料,以進行深度學術研究。

本館根據檔案學概念,以原始序列和全宗原則編目。本館的數位資料方面,可於館內檢索:國家圖書館台灣記憶平臺「台灣基督長老教會文獻」資料集,數位典藏內容涵蓋教會議事錄、白話字聖經聖詩以及書信公函等,方便各界查閱研調;本館將持續連結更多研究平台與資源。

廈英大辭典增補修復前後比對(正修科技大學文物修護中心提供)
賴永祥長老蒐整之史料檔案實體文件-高長家族檔案
巴克禮牧師長袍修復前後比對(正修科技大學文物修護中心提供)