本館主要功能為台灣基督長老教會歷史文獻檔案之研究與典藏,提供史料勘驗、史籍編纂、文物保存及普查調研之諮詢服務,並歡迎各界捐贈。
2020年,本館提報「賴永祥長老史料庫」與「南部基督長老教會在台灣傳教之歷史文獻:以巴克禮牧師為中心增補」兩案,入選文化部「第二屆台灣世界記憶國家名錄」,兩提案分別包含賴永祥長老的台灣教會史料蒐藏與其編寫的《教會史話》,並將史料「數位化」,無償提供各界運用;第一台活字版印刷機(1885年出刊之《台灣府城教會報》)、巴克禮以羅馬字寫成的台語聖經、巴克禮與台南神學院相片集,及巴克禮睡袍等珍藏文物。此次入選,是對教會保存台灣集體之歷史記憶的重大肯定。
對基督徒而言,聖經是一部回首足跡的救恩史。而眾人皆知存史之重要,關乎基督徒身分認同的深層概念,惟歷史之根則在於史料蒐集、整編、詮釋與研究。盼望我們真正成為一個「有歷史感」的教會,讓歷史檔案館成為全體台灣基督長老教會凝聚共同意識的焦點。